Puskesmas Banjarharjo berdasarkan letak geografis berada dibagian barat dari Kabupaten Brebes yaitu berbatasan dengan wilayah :
Sebelah Utara : Puskesmas Kersana, Puskesmas Tanjung
Sebelah Timur : Puskesmas Ketanggungan, Puskesmas Cikeusal
Sebelah Selatan : Puskesmas Bandungsari, Puskesmas Salem
Sebelah Barat : Puskesmas Cikakak dan Puskesmas Cibingbin Kabupaten Kuningan Jawa Barat
Puskesmas Banjarharjo berdiri Tahun 1954, memiliki luas wilayah 48,64 km2 dengan jarak terjauh utara-selatan 5 km dan barat-timur 3 km, terbagi secara adminstratif menjadi 9 desa/kelurahan. Dan beberapa wilayah Puskesmas Banjarharjo merupakan dataran tinggi.
